Pelaksanaan pembangunan Bendungan Bagong dilakukan dengan kontrak tahun jamak dimulai dari tanggal 27 Desember 2018 dan direncanakan selesai tanggal 31 Desember 2024. Pelaksanaan konstruksi dibagi dalam dua paket pekerjaan, yaitu Paket I yang dilaksanakan oleh Abipraya – Sacna KSO, dan Paket II dilaksanakan oleh PP – Jatiwangi. Dalam perkembangannya, sesuai rekomendasi Komite Keamanan Bendungan, pembangunan Bendungan Bagong mengalami modifikasi desain untuk menyesuaikan kondisi di lapangan (baik dari segi geologi, perbaikan pondasi, dan hidrolis aliran pelimpah), sehingga berdampak pada perubahan volume pekerjaan, jadwal pelaksanaan, dan timbulnya item pekerjaan yang belum tertuang dalam kuantitas dan harga sehingga membutuhkan adanya penambahan dana. Berdasarkan perhitungan bersama yang dilakukan oleh Penyedia Jasa, Konsultan Supervisi, Direksi dan Tim Value Engineering, maka diperoleh perhitungan rencana penambahan nilai konstruksi.

Terhadap peristiwa tersebut, sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 60/PMK.02/2018 tentang Persetujuan Kontrak Tahun Jamak oleh Menteri Keuangan, Kementerian PUPR melalui Balai Besar Wilayah Sungai Brantas meminta kepada Perwakilan BPKP Provinsi Jawa Timur untuk melakukan Audit atas Rencana Penambahan Dana untuk Pembangunan Bendungan Bagong di Kabupaten Trenggalek.

Pada 8 Januari 2024 bertempat di ruang rapat SNVT Pembangunan Bendungan, Tim Perwakilan BPKP Provinsi Jawa Timur bersama Kepala SNVT Pembangunan Bendungan pada BBWS Brantas beserta staff dan PPK Pembangunan Bendungan Bagong melakukan entry meeting Audit atas Rencana Penambahan Dana Pembangunan Bendungan Bagong di Kabupaten Trenggalek. Tim Perwakilan BPKP Provinsi Jawa Timur menjelaskan tujuan, ruang lingkup, sasaran, batasan tanggung jawab, jadwal kegiatan, dan dokumen yang diperlukan dalam melaksanakan audit. Selanjutnya Tim Perwakilan BPKP Provinsi Jawa Timur melakukan reviu dokumen, focus group discussion dengan Penyedia Jasa, dan melakukan pengamatan fisik di lokasi paket pekerjaan pembangunan Bendungan Bagong pada 1 – 3 Februari 2024.