Sekretariat Utama BPKP adalah unsur pendukung pimpinan dalam pelaksanaan tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala.

Sekretariat Utama BPKP dipimpin oleh Sekretaris Utama.

Dalam melaksanakan tugas koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi di seluruh unit organisasi di lingkungan BPKP, Sekretariat Utama menyelenggarakan fungsi:

1. pembinaan dan pelayanan administrasi perencanaan, ketatausahaan, organisasi, tatalaksana, kepegawaian, keuangan, hukum dan perundang-undangan, kehumasan, protokol, persandian, kearsipan, pengelolaan barang/jasa, pengelolaan Barang Milik Negara, perlengkapan, dan rumah tangga BPKP;
2. pengoordinasian pelaksanaan penyelenggaraan sistem pengendalian intern pemerintah dan reformasi birokrasi di lingkungan BPKP;
3. pengoorsinasian peningkatan kapabilitas organisasi BPKP;
4. pengoordinasian, sinkronisasi, dan integrasi program pembinaan dan sertifikasi jabatan fungsional auditor, pendidikan dan pelatihan, penelitian dan pengembangan di lingkungan BPKP; 
5. pengoordinasian, sinkronisasi dan integrasi program pembangunan dan pengembangan sistem informasi, serta pengolahan data dan informasi hasil pengawasan; dan
6. penyusunan laporan pelaksanaan tugas dan laporan akuntabilitas kinerja BPKP.