Dalam menjalankan fungsinya, BPKP memiliki susunan organisasi sebagaimana terlihat dalam bagan Struktur Organisasi berikut:



 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

BPKP dalam melaksanakan tugas pengawasannya dibantu 34 Kantor Perwakilan BPKP di seluruh Indonesia.

Perwakilan BPKP Provinsi:
  1. Aceh
  2. Sumatera Utara
  3. Sumatera Barat
  4. Riau
  5. Jambi
  6. Sumatera Selatan
  7. Bengkulu
  8. Lampung
  9. DKI
  10. Banten
  11. Jawa Barat
  12. Jawa Tengah
  13. D.I Yogyakarta
  14. Jawa Timur
  15. Kalimantan Barat
  16. Kalimantan Timur
  17. Kalimantan Selatan
  18. Bali
  1. NTT
  2. Sulawesi Selatan
  3. Sulawesi Tengah
  4. Sulawesi Utara
  5. Sulawesi Tenggara
  6. Maluku
  7. Papua
  8. Bangka Belitung
  9. Kepulauan Riau
  10. Kalimantan Tengah
  11. NTB
  12. Gorontalo
  13. Sulawesi Barat
  14. Maluku Utara
  15. Papua Barat
  16. Kalimantan Utara