Akuntabilitas pengelolaan program lintas sektoral difokuskan untuk menilai efisiensi dan efektivitas pelaksanaan program/kegiatan yang mendukung prioritas pembangunan nasional. Kualitas akuntabilitas perspektif ini ditunjukkan oleh hasil pengawasan BPKP, di antaranya sebagai berikut:

  1. Evaluasi pelaksanaan reformasi birokrasi (RB) tahun 2014 pada 5 K/L oleh BPKP sebagai Tim Quality Assurance Reformasi Birokrasi Nasional (TQA-RBN) menghasilkan bahan pertimbangan dalam rangka penyesuaian tunjangan kinerja pada K/L tersebut;
  2. Reviu atas perencanaan dan penganggaran dana optimalisasi tahun 2014 pada 32 K/L dengan membuat pengaturan lebih lanjut mengenai mekanisme pemanfaatan dana optimalisasi;
  3. Monitoring atas implementasi Rencana Aksi Prioritas Pembangunan Nasional untuk posisi per 31 Desember 2013, meliputi 34 provinsi, 173 kabupaten, dan 4.355 titik lokasi kegiatan 8 K/L menunjukkan bahwa secara umum implementasi rencana aksi yang dimonitor telah berjalan dengan baik, meskipun pada beberapa titik lokasi masih dijumpai permasalahan;
  4. Monitoring atas implementasi BPJS Kesehatan untuk periode Januari-Maret 2014 dilakukan terhadap 32 Rumah Sakit Vertikal (RSV), 192 Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD), dan 1.174 puskesmas di 189 kabupaten/kota pada 34 provinsi menunjukkan bahwa kesiapan implementasi BPJS Kesehatan rumah sakit lebih baik dibandingkan dengan kesiapan puskesmas, dengan jumlah rujukan ke rumah sakit meningkat;
  5. Inventarisasi atas pemanfaatan Rumah Khusus (Rusus) menunjukkan bahwa penghuni  Rusus eks pengungsi Timor-Timur bukan oleh pihak yang berhak, sehingga disarankan agar dihuni dan dimanfaatkan oleh masyarakat berpenghasilan rendah;
  6. Reviu atas Hibah Pemerintah Republik Indonesia atas pembelian dan renovasi masjid Indonesian Muslim Associationin America (IMAAM) Center Maryland di Amerika Serikat dan pembangunan Asrama Mahasiswa Indonesia di Kampus Universitas AlAzhar Kairo Mesir memastikan bahwa secara umum proses pemberian hibah pemerintah telah sesuai dengan peraturan perundang-undangan;
  7. Audit kinerja atas pelaksanaan Program Pembangunan Infrastruktur Perdesaan (PPIP) menunjukkan bahwa kinerja penyelenggaraan PPIP tahun 2013 termasuk dalam kategori cukup berhasil meskipun masih dijumpai permasalahan; dan
  8. Mediasi hambatan kelancaran pembangunan yang menghasilkan 28 laporan, salah satunya adalah kegiatan pengalihan aset dan mekanisme pembiayaan dari PT Angkasa Pura I kepada Perum Lembaga Penyelenggara Pelayanan Navigasi Penerbangan Indonesia.