Ini sejalan dengan misi BPKP untuk mewujudkan akuntabilitas keuangan negara dan tata kelola pemerintahan yang baik dan bebas dari praktik Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme (KKN). Dalam menjalankan tugasnya, Perwakilan BPKP Provinsi Papua melaksanakan serangkaian kegiatan, termasuk audit investigatif maupun audit untuk menghitung kerugian keuangan negara, dan memberikan keterangan ahli, bekerja secara kolaboratif dengan aparat penegak hukum.

Lingkup Audit Investigatif (AI) maupun Perhitungan Kerugian Keuangan Negara (PKKN) terhadap pertanggungjawaban keuangan negara dan keuangan daerah, termasuk keuangan desa dan badan usaha. Kasus-kasus korupsi yang terkait dengan infrastruktur dan layanan dasar masyarakat menjadi perhatian lebih, karena akibat korupsi, infrastruktur tersebut tidak dapat dimanfaatkan dan merugikan masyarakat.