Guna menunjang pelaksanaan tugas pokok dan fungsinya, BPKP memiliki tenaga SDM yang handal. Posisi pegawai per Triwulan II tahun 2011 berjumlah 5.821 orang.

Rincian atas jumlah tersebut seperti pada tabel berikut:
 

Berdasarkan strata pendidikan para pegawai BPKP tersebut adalah, sebagai berikut:

Pegawai BPKP yang berjumlah 5.821 orang itu tersebar pada unit-unit kantor pusat dan kantor-kantor perwakilan.

BPKP telah mengembangkan kapasitas SDM-nya melalui peningkatan kompetensi Performance Audit, Policy Evaluation, Audit Process Enhancement, Human Resources Management, dan Corruption Investigation yang pelaksanaannya mendapat bantuan dari ADB melalui Loan Nomor 1620-INO. Selain itu, setiap pejabat BPKP harus di-assess melalui Assessment Centre BPKP guna penilaian kompetensi pejabat yang bersangkutan.