Berdasarkan Peraturan Kepala Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan Nomor 1 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perwakilan BPKP, Struktur Organisasi Perwakilan BPKP Provinsi Maluku adalah sebagai berikut:
Sedangkan Kepala Bagian Tata Usaha dibantu oleh tiga Kepala Sub Bagian yaitu Kepala Sub Bagian Kepegawaian, Kepala Sub Bagian Keuangan, dan Kepala Sub Bagian Umum.
Struktur Organisasi Perwakilan BPKP Provinsi Maluku sebagai berikut:
| Profil BPKP Maluku |
| Kata Pengantar Kepala Perwakilan |
| Tugas, Fungsi, Visi, Misi, Nilai, dan Moto |
| Struktur Organisasi BPKP Maluku |
| Sumber Daya Manusia |
| Sejarah BPKP Maluku |
| Sarana Prasarana |
| Produk Layanan |
| Kelompok JFA Bidang Investigasi |
| Kelompok JFA Bidang Akuntabilitas Pemerintah Daerah |
| Kelompok JFA Bidang Instansi Pemerintah Pusat |
| Kelompok JFA Bidang Akuntan Negara |
| Kelompok JFA Bidang P3A |
| Informasi Publik BPKP Maluku |
| Laporan Keuangan |
| Dokumen SAKIP |
| Kumpulan Peraturan Perundangan |
| Perjanjian Kinerja 2019 |
| PPID |
| Pengaduan Terkait Pegawai BPKP |
| Prosedur Layanan Informasi |
| Profile PPID |
| Mekanisme Pengaduan Keberatan Informasi |
| Daftar Informasi Publik |
| Humas & PPID BPKP MALUKU |
| Aplikasi Mobile PPID BPKP |
Instagram Perwakilan BPKP Maluku
Facebook Perwakilan BPKP Maluku
Youtube Perwakilan BPKP Maluku
