Struktur Organisasi lama

Berdasarkan  Peraturan  Kepala  Badan  Pengawasan  Keuangan  dan  Pembangunan Nomor 1 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja  Perwakilan BPKP, Struktur  Organisasi  Perwakilan  BPKP  Provinsi  Sulawesi Utara adalah sebagai berikut:

• Kepala Perwakilan;
• Kepala Bagian Tata Usaha;
• Koordinator Pengawasan Bidang Pengawasan Instansi Pemerintah Pusat (IPP);
• Koordinator Pengawasan Bidang Akuntabilitas Pemerintah Daerah (APD);
• Koordinator Pengawasan Bidang Akuntan Negara (AN);
• Koordinator Pengawasan Bidang Investigasi;
• Koordinator Pengawasan Bidang Program dan Pelaporan serta Pembinaan APIP (P3APIP).

Sedangkan Kepala Bagian Tata Usaha dibantu oleh tiga Kepala Sub Bagian, yaitu:

• Kepala Sub Bagian Kepegawaian,
• Kepala Sub Bagian Keuangan, dan
• Kepala Sub Bagian Umum.