Salah satu misi Sekretaris Utama dalam menunjang terselenggaranya tugas pokok dan fungsi BPKP adalah meningkatkan kualitas layanan di bidang keuangan dengan tujuan untuk memberikan layanan keuangan sesuai dengan kebutuhan.

Fungsi Biro Keuangan sebagai salah satu unit yang berada di bawah Sekretaris Utama adalah :

1. Melaksanakan penyusunan anggaran rutin dan pembangunan,
2. Melaksanakan urusan perbendaharaan, verifikasi dan akuntansi

Sasaran yang hendak dicapai pada dasarnya adalah:

1. Terwujudnya perencanaan anggaran yang memadai;
2. Terwujudnya pengelolaan keuangan yang tertib dan layanan keuangan yang cukup memadai;
3. Terselenggaranya pelaporan dan pertanggungjawaban yang tepat waktu dan akurat.

Strategi dalam mencapai sasaran tersebut di arahkan pada :

1. Pengembangan sistem perencanaan anggaran;
2. Koordinasi dengan unit kerja di lingkungan BPKP dan instansi terkait;
3. Pengembangan sistem pengelolaan keuangan dan layanan keuangan;
4. Efektifitas pelaporan keuangan termasuk penerapan sistem akuntansi pemerintah dalam rangka menunjang akuntabilitas kinerja BPKP.

Tugas Pokok dan Fungsi Biro Keuangan berdasarkan Keputusan Kepala BPKP No.Kep-06.00.00-080/K/2001 tanggal 20 Februari 2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja BPKP, adalah :

1. Menyusun anggaran rutin dan anggaran pembangunan;
2. Melaksanakan urusan perbendaharaan;
3. Melaksanakan verifikasi dan akuntansi.

Penjabaran tugas pokok dan fungsi Biro Keuangan antara lain adalah sebagai berikut :

• Menyusun rencana kerja tahunan Biro Keuangan sebagai bahan rencana kerja tahunan Sekretariat Utama;
• Melakukan rapat koordinasi dengan unit-unit di lingkungan BPKP terkait;
• Menyusun pedoman usulan anggaran rutin dan pembangunan;
• Mengkoordinasikan dan mengarahkan penyusunan anggaran rutin dan pembangunan;
• Mengkoordinasikan penyusunan dan revisi anggaran unit-unit kerja di lingkungan BPKP;
• Melaksanakan urusan perbendaharaan;
• Mengkoordinasikan penerimaan, penyimpanan, pembayaran dan penatausahaan keuangan;
• Mengkoordinasikan penyelesaian masalah Tuntutan Perbendaharaan (TP) dan Tuntutan Ganti Rugi (TGR);
• Mengkoordinasikan pelaksanaan verifikasi keuangan;
• Mengkoordinasikan penyelenggaraan akuntansi keuangan;
• Menyelenggarakan pembinaan dan penegakan disiplin pegawai dilingkungannya;
• Melaksanakan pelatihan kantor sendiri (PKS);
• Mengarahkan penyelenggaraan urusan kepegawaian di lingkungan Biro Keuangan;
• Mengembangkan jabatan fungsional sesuai dengan bidang tugasnya dan mengkoordinasikan dengan Biro Kepegawaian dan Organisasi serta instansi terkait;
• Menyusun laporan berkala Biro Keuangan;
• Menyusun laporan tugas pokok dan fungsi Biro Keuangan sebagai bahan penyusunan laporan akuntabilitas kinerja Sekretariat Utama;
• Melaksanakan tugas kedinasan lainnya yang diberikan oleh Sekretaris Utama.