Kegiatan yang dilaksanakan Sekretariat Utama, sesuai dengan misinya adalah kegiatan yang berorientasi pada pelayanan, dengan arah layanan pada seluruh unit kerja di lingkungan BPKP termasuk Sekretariat Utama Sendiri.
Berpijak pada misi yang telah ditetapkan, secara garis besar dapat dirumuskan tiga hal mendasar yang mutlak diperlukan oleh Sekretariat Utama sebagai penyelenggara prima, yaitu;

1. Perencanaan pengawasan dan pemantauan kegiatan pengawasan
2. Dukungan sumber daya (dana, SDM, Sarana dan prasarana) yang memadai
3. layanan di bidang hukum dan hubungan masyarakat.

Berdasarkan analisis terhadap berbagai kondisi internal maupun eksternal yang terkait dengan hal di atas dapat dimunculkan beberapa faktor penentu keberhasilan Sekretariat Utama, yaitu :

1. Adanya komitmen dan kebijakan yang jelas dari jajaran pimpinan Sekretariat Utama.
2. Adanya evaluasi dan ketaatan terhadap sistem serta prosedur kerja yang sudah ditetapkan Sekretariat Utama
3. Adanya hubungan yang kondusif di antara jajaran pimpinan dan SDM yang ada di Sekretariat Utama
4. Adanya SDM yang dapat diandalkan kapabilitas, kompetensi dan kredibilitasnya.
5. Tersedianya suatu pola penyusunan rencana pengawasan dan pemantauan kegiatan pengawasan
6. Adanya hubungan (relationship) dan harmonis dengan lembaga/instansi terkait yang diperlukan dalam rangka penyusunan rencana pengawasan yang matang
7. Adanya hubungan (relationship) yang harmonis dengan lembaga/instansi penentu dalam bidang anggaran untuk memenuhi pendanaan yang diperlukan dalam rangka memgarikan layanan prima. Dalam bidang kepegawaian, juga perlu adanya hubungan yang harmonis dengan BKN, Menpan dan instansi lain yanga terkait
8. Adanya beberapa unit kerja non struktural yang berada di lingkungan Sekretariat Utama (proyek-proyek, kelompok-kelompok fungsional dan lain-lain) yang dapat dimanfaatkan untuk menunjang tugas pokok dan fungsi Sekretariat Utama
9. Tersedianya dana, fasilitas, sarana dan prasarana yang diperlukan untuk menunjang kelancaran tugas/kegiatan setiap SDM yang ada di Sekretariat Utama
10. Tersedianya fasilitas layanan hukum dan hubungan masyarakat secara cepat, tepat dan murah serta tersedianya perangkat peraturan/perundang-undangan yang mendukung tugas pokok dan fungsi BPKP.

Tujuan

Tujuan merupakan penjabaran atau implementasi dari pernyataan misi yang akan dcapai atau dihasilkan dalam jangka waktu 1 sampai dengan 4 tahun.
Dengan tujuan ini maka Sekretariat Utama telah mengetahui apa yang harus dilaksanakan dalam kurun waktu satu sampai empat tahun ke depan dengan mempertimbangkan sumber daya dan kemampuan yang dimiliki serta faktor-faktor penentu keberhasilan. BPKP

Tujuan Sekretariat Utama berdasarkan misinya adalah sebagai berikut :

Misi Pertama: Meningkatkan kualitas layanan di bidang perencanaan dan pemantauan kegiatan pengawasan, mempunyai tujuan :

1. Terwujudnya Sub sistem informasi perencanaan dan pelaporan kegiatan pengawasan yang andal dan terpadu.
2. Terselanggaranya pengendalian mutu perencaan dan pelaporan kegiatan pengawasan secara efesien dan efektif.
3. Meningkatnya koordinasi dalam bidang perencanaan pengawasan dengan instansi terkait.

Misi Kedua: Meningkatkan Kualitas layanan di bidang kepegawaian, organisasi, ketatalaksanaan yang baku dan transparan, mempunyai tujuan :

1. Terwujudnya sub sistem informasi kepegawaian yang andal dan terpadu.
2. Terwujudnya organisasi BPKP yang dinamis sesuai perubahan lingkungan.
3. Tersedianya SDM yang andal.
4. Terselenggaranya tatalaksana yang efektif pada organisasi BPKP.

Misi Ketiga: Meningkatkan kualitas layanan di bidang Keuangan, mempunyai tujuan : meningkatnya kualitas layanan keuangan sesuai kebutuhan.

Misi Keempat: Meningkatkan kualitas layanan di bidang hukum dan hubungan masyarakat, mempunyai tujuan ;

1. Tersusunnya kumpulan peraturan perundang-undangan di bidang pengawasan dan lainnya yang terkait dengan BPKP.
2. Terwujudnya layanan hukum yang cepat dan andal.
3. Terselenggaranya hubungan kerja yang baik antar instansi, masyarakat dan unit kerja di lingkungan BPKP.

Misi Kelima: meningkatkan kualitas layanan umum di lingkungan BPKP, mempunyai tujuan :

1. Meningkatnya efektivitas dan mobilitas kerja para pegawai.
2. Terwujudnya kenyamanan dan keamanan dalam bekerja.
3. Terwujudnya pengelolaan kekayaan milik negara yang memadai.