Tugas Pokok dan Fungsi Sekretariat Utama diatur dalam Keputusan Kepala Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan Nomor : KEP-06.00.00-080/K/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan.

Sekretariat Utama mempunyai tugas mengkoordinasikan perencanaan, pembinaan, pengendalian administrasi dan sumber daya di lingkungan BPKP.

Dalam melaksanakan tugasnya, Sekretariat Utama menyelenggarakan fungsi :

1. Koordinasi perumusan kebijakan pengawasan intern pemerintah dan kebijakan teknis pengawasan di lingkungan BPKP;
2. Koordinasi dan penyusunan program kerja pengawasan tahun (PKPT) serta evaluasi pelaksanaannya di lingkungan BPKP dan aparat pengawasan intern pemerintah (APIP) lainnya;
3. Pengelolaan kepegawaian, penataan organisasi dan ketatalaksanaan, serta keuangan;
4. Penyusunan peraturan perrundang-undangan, penelahaan hukum, pemberian bantuan hukum, serta pelaksanaan hubungan masyarakat dan hubungan antar lembaga;
5. Pelaksanaan urusan tata usaha, perlengkapan dan rumah tangga;
6. Koordinasi dan penyusunan laporan hasil pengawasan di lingkungan BPKP dan APIP lainnya;
7. Koordinasi penyusunan laporan akuntabilitas kinerja BPKP dan penyusunan laporan akuntabilitas kinerja Sekretariat Utama.

Susunan Organisasi Sekretariat Utama terdiri dari :

1. Biro Perencanaan
2. Biro Kepegawaian dan Organisasi
3. Biro Keuangan
4. Biro Hukum dan Hubungan Masyarakat
5. Biro Umum