Dalam menjalankan fungsinya, BPKP memiliki susunan organisasi sebagaimana terlihat dalam bagan Struktur Organisasi.

BPKP dipimpin oleh seorang Kepala yang dibantu oleh satu Sekretaris Utama dan lima Deputi yang membawahi bidangnya masing-masing, yaitu Deputi Pengawasan Instansi Pemerintah Bidang Perekonomian, Deputi Pengawasan Instansi Pemerintah Bidang Politik, Sosial, dan Keamanan, Deputi Pengawasan Bidang Penyelenggaraan Keuangan Daerah, Deputi Bidang Akuntan Negara, dan Deputi Bidang Investigasi. Selain itu, terdapat empat Pusat yaitu Pusat Pendidikan dan Pelatihan Pengawasan, Pusat Penelitian dan Pengembangan Pengawasan, Pusat Informasi Pengawasan, dan Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Auditor.

BPKP dalam melaksanakan tugas pengawasannya mempunyai Kantor Perwakilan di 25 Provinsi seluruh Indonesia dan 8 Kantor Perwakilan Madya di provinsi pemekaran.