Berdasarkan Keputusan Kepala Badan Pengawasan Keuangan  dan  Pembangunan No.KEP- 06.00.00-286/K/2001 tanggal 30 Mei 2001 tentang   Organisasi dan Tata Kerja Perwakilan Badan Pengawasan  Keuangan dan   Pembangunan  yang telah diubah beberapa kali dan terakhir diubah dengan  Peraturan Kepala Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan Republik Indonesia tentang Organisasi  dan Tata Kerja  Perwakilan   Badan  Pengawasan Keuangan dan Pembangunan Provinsi Kepulauan Riau, Provinsi Kepulauan Bangka Belitung, Provinsi Banten, Provinsi Bali, Provinsi  Nusa Tenggara  Barat, Provinsi   Kalimantan   Tengah,  Provinsi  Sulawesi Barat, Provinsi Gorontalo, Provinsi Maluku Utara, dan Provinsi Papua Barat  Nomor  20 Tahun 2014, Perwakilan BPKP Provinsi Kalimantan Tengah adalah instansi  vertikal BPKP di daerah yang berada di bawah dan bertanggung  jawab kepada Kepala BPKP mempunyai tugas menyelenggarakan tugas BPKP di daerah, berdasarkan kebijakan pengawasan yang telah digariskan Kepala BPKP.

Perwakilan BPKP Kalimantan tengah dipimpin oleh seorang Kepala Perwakilan yang dibantu oleh satu Kepala Bagian Tata Usaha dan lima Koordinator Pengawasan yang membawahi bidangnya masing-masing, yaitu

1. Bidang Pengawasan Instansi Pemerintah Pusat (PIPP),

2. Bidang Akuntan Negara (AN),

3. Bidang Akuntabilitas Pemerintah Daerah (APD),

4. Bidang Investigasi, dan

5. Bidang Program dan Pelaporan serta Pembinaan APIP.

Selain itu Kepala Tata Usaha juga dibantu tiga orang Kepala Subbagian yang bertanggung jawab atas tupoksi masing-masing Subbagian, yaitu Subbagian Kepegawaian, Subbagian Keuangan, dan Subbagian Umum.