Sekretariat Utama
Deputi Pengawasan Instansi Pemerintah Bidang Perekonomian
Deputi Pengawasan Instansi Pemerintah Bidang Politik, Sosial dan Keamanan
Deputi Pengawasan Bidang Penyelenggaraan Keuangan Daerah
Deputi Bidang Akuntan Negara
Deputi Bidang Investigasi
Inspektorat
Pusat Pendidikan dan Pelatihan Pengawasan
Pusat Penelitian dan Pengembangan Pengawasan
Pusat Informasi Pengawasan
Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Auditor
Perwakilan BPKP Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam
Perwakilan BPKP Provinsi Sumatera Utara
Perwakilan BPKP Provinsi Sumatera Barat
Perwakilan BPKP Provinsi Riau
Perwakilan BPKP Provinsi Kepulauan Riau
Perwakilan BPKP Provinsi Jambi
Perwakilan BPKP Provinsi Sumatera Selatan
Perwakilan BPKP Provinsi Bangka Belitung
Perwakilan BPKP Provinsi Bengkulu
Perwakilan BPKP Provinsi Lampung